毎年恒例の。。。

停電デー！
年に一回福崎研が止まる日です。
装置が多い分、計画的にやらないとなかなか大変。
全ての装置が止まりました。

冷凍庫とディープフリーザーにはドライアイスを詰める。

ドライアイスも大量なので、部屋のCO2モニターが
鳴き始める。。。
 
とりあえず、夜までは福崎研は休業です。
明日は卒研発表からの追いコンで大津で一泊です！
また大量のブログネタが。

※今日は東京マラソンか。また走りたいなぁ。。

審査、審査、審査！！！

１２月から一昨日の話です。
この時期大学はいっぱい審査があります。
審査その１
博士課程公聴会！！
今年は福崎研から４人。
トップバッターのシャオ

続いて山ちゃん

石橋さん 

田口さん

質疑もいい感じで無事にディフェンスできたようです。
終了後はいつもの後輩からの労い。

写真も撮影したようです。


立派な社会人として活躍してください。

さて、続いての審査は
修士課程中間審査！
これはどちらかというと准教授マターのお仕事。
二日間みっちりやりました。
福崎研からは英語コース合わせて６名？
なんかテンション上がってる松永

本番はちゃんとやります


英語コースのアンジャ＠今インドネシア

メガも一生懸命説明中

松浦先生に説明するNMR福田くん。

村中先生とチーズ中野

終わった後も説明を続けます。

中島くん
 
福島先生（？）と中谷

關先生に説明するアチワ

オーラルとポスター発表ののち、成績上位者は
追加でポスター発表しました。そして准教授陣から
徹底的に質問攻め。もしかしたら教授よりもしつこいかも！？
  
まだまだ審査あります！
ラストは修論発表会！
修士は６名。でも写真は４名分しかない！！
ごめん、藤本くん＆深水くん。。
トップバッターの上野さん

二番手大竹。この写真いいな！

三番手おくのくん＠今日からインフルB型

そして、角田くん。



てか、ひたすら写真多い！
週末は、醗酵パーティーなる卒業生を
送る会が学科全体で開催されます。
そして来週月曜日は４年生の卒研発表！！
終わったらそのまま１泊２日で毎年恒例の
追いコンです。追いコンいけば少しは休めるかな。。。 

また、大量のブログが更新されることでしょう。

京都マラソン突っ走りました

今日は大学の二次試験だったようです。
昨日から大学の周りにはいっぱいア◯マンとか
予備校の◯◯とかがなんか若い人に配ってました。

新間ももらえるはず！！
と思ってフラフラしてましたが

素無視orz

俺が見えてないのか！？
ってくらいもらえませんでした( ･ὢ･ )
歳とるってこういうことですかね
（小ぃせーなぁとかいわない(;´༎ຶД༎ຶ`)）


さて、そんな中

宣言していた京都マラソンで
若さをアピールしてきました(๑•̀ㅂ•́)و✧
京都マラソンのコースはこんな感じ。
もちろんフルマラソンです。

当日は気温が高くなる！という話でしたが
朝が一番暖かかった！！
で、結果は２回連続での
サブ４！タイムも少し伸びました。
※とりあえずネットタイムでよろしく。  

次はどこ走ろうかな(´▽`) '`,、

閑話休題：昨日知ったこと
パスポート更新すると、更新手続き中はパスポートを
没収されることを初めて知った。。。

来週土曜からアメリカ１週間。帰国後すぐにシンガポール。
念のためシンガポールの入国条件を確認したところ
パスポートの残存期間は６ヶ月以上必要とのこと。

新間のパスポート、有効期限は４月２６日。。。
確実にアウトやんけ！
てか、更新しなければ！だけど没収されるとアメリカ行けない！
ということで結構パニくった昨日。。。(๑*д*๑)

とりあえず今すぐにパスポートセンターで申請すれば
間に合う！というひどく的確なアドバイスをおばちゃんから
もらい急遽パスポートセンターのある谷町へ。
無事に受け付けられて来週リニューアルされたパスポート
取りに行きます。マジで危なかった。。。

てか、シンガポールから帰って来た翌日に
ドイツに向けて出国なのだが服なくね？

Rで統計：階層クラスター分析（HCA）

どうも．中谷航太です．
備忘録がてら勉強したRの解析方法を記録しておきます．
今回は，Rでの階層クラスター分析付きヒートマップの作り方について．

①まずデータの準備から始めます．

	Wild Type	strain1	strain2	strain3	strain4
metabolite1	7234526	6255017	6754156	490024.2	7127350
metabolite2	1970236	1685756	1803086	148639.6	1199489
metabolite3	18111892	16226529	17646758	1254115	18497672
metabolite4	266696	151436	206675.3	57778.57	384859
metabolite5	12992368	11370112	12383234	883364.6	13461877

・・・・・・・・・
・・・・・・・・・
・・・・・・・・・

みたいなデータをエクセルで作って，csvファイルで保存します．
要は分析結果をエクセルにまとめればいいだけです．

今回はデータをわざわざ新しくデータを用意するのも面倒なので，

a1 <- rnorm(100,mean=5000, sd=500)
a2 <- rnorm(100,mean=4000, sd=400)
a3 <- rnorm(100,mean=3000, sd=300)
a4 <- rnorm(100,mean=2000, sd=200)
a5 <- rnorm(100,mean=1000, sd=100)
x <- matrix(c(a1, a2, a3, a4, a5), nrow=5, ncol=100)
colnames(x) <- c(1:100)
rownames(x) <- c("WT", "strain1", "strain2", "strain3", "strain4")

これでデータ行列を作ります．
WT, strain1～4の代謝物を分析して，それぞれ代謝物1～100の分析値をエクセルにまとめたものと考えてもらえばいいです．

②次に，類似度 or 距離の選択方法を指定し，計算します．

階層クラスター分析は，サンプルと代謝物の両方で行います．
不要なら要らない方を削除してください．

d1 <- dist(x, method="euclidean")
d2 <- dist(t(x), method="euclidean")
# methodは "euclidean", "maximum", "manhattan", "canberra", "binary" or "minkowski"から選んで下さい．距離の計算方法が違うので，それぞれ結果が少し異なります．

③次にクラスター合併のアルゴリズムを指定し，計算します．

c1 <- hclust(d1, method="ward.D")
c2 <- hclust(d2, method="ward.D")
# methodは"ward.D", "ward.D2", "single", "complete", "average" (= UPGMA), "mcquitty" (= WPGMA), "median" (= WPGMC) or "centroid" (= UPGMC)から選んで下さい．

これで階層クラスタ解析の計算は終わったので，

④最後に結果をヒートマップで表します．

gplotsというパッケージを使うので，初回の人は以下を実行．

install.packages("gplots")

参照するパッケージを指定してヒートマップを作ります．

library(gplots)
hm <- heatmap.2(as.matrix(x),
                col=colorpanel(256, low = "yellow", mid="black", high= "blue"),
                scale="none",
                margins=c(6,30),
                Rowv=as.dendrogram(c1),
                Colv=as.dendrogram(c2),
                density.info="none",
                trace ="none",
                key ="True")

図の縦横比はmarginsで，色のグラジエントはcolで弄れます．

scaleは予めエクセルにまとめる段階で自分で計算しておくのが良い気がします．

今回はデータを適当に作ったので"column"にしています．

以上を実行するだけでHCA付きヒートマップがゲットできました！
お疲れ様です．

最後にコードだけでまとめておきます．
a1 <- rnorm(100,mean=5000, sd=500)
a2 <- rnorm(100,mean=4000, sd=400)
a3 <- rnorm(100,mean=3000, sd=300)
a4 <- rnorm(100,mean=2000, sd=200)
a5 <- rnorm(100,mean=1000, sd=100)
x <- matrix(c(a1, a2, a3, a4, a5), nrow=5, ncol=100)
colnames(x) <- c(1:100)
rownames(x) <- c("WT", "strain1", "strain2", "strain3", "strain4")
d1 <- dist(x, method="euclidean")
d2 <- dist(t(x), method="euclidean")
c1 <- hclust(d1, method="ward.D")
c2 <- hclust(d2, method="ward.D")
library(gplots)
hm <- heatmap.2(as.matrix(x),
                col=colorpanel(256, low = "yellow", mid="black", high= "blue"),
                scale="column",
                margins=c(6,30),
                Rowv=as.dendrogram(c1),
                Colv=as.dendrogram(c2),
                density.info="none",
                trace ="none",
                key ="True")

読み込みからヒートマップ化する場合はこっちで．
setwd("「データのある場所」")
x <- read.csv("「データの名前」", header=T, row.names = 1)
d1 <- dist(x, method="euclidean")
d2 <- dist(t(x), method="euclidean")
c1 <- hclust(d1, method="ward.D")
c2 <- hclust(d2, method="ward.D")
library(gplots)
hm <- heatmap.2(as.matrix(x),
                col=colorpanel(256, low = "yellow", mid="black", high= "blue"),
                scale="none",
                margins=c(6,30),
                Rowv=as.dendrogram(c1),
                Colv=as.dendrogram(c2),
                density.info="none",
                trace ="none",
                key ="True")

感想：楽しかった．

第108回醗酵学懇話会に行ってきました

２月１０日は日本生物工学会関西支部イベントの
第108回醗酵学懇話会
にラボメンバーと突撃してきました٩( 'ω' )و 

会場は
白鶴酒造株式会社

 
福崎先生と新間は午前中の支部委員会からの参加。
午前中の委員会終了後はメインの懇話会。
醗酵学懇話会詳細はこちら（HP）
質疑も盛り上がっていたと思います。その後は
工場見学と資料館へ。工場内は撮影不可だったので
写真は無し！結構寒かった(๑•﹏•)

資料館でブログ用写真を確保( ･ㅂ･)و ̑̑ 
木桶の前で

福崎研からの参加者
すみくら、たにぐち、たけお、はらだ、なかの、こんやさん 

仕込みの光景。動き出したら面白いのに。
猫やら蛙やら、動物の名前がついた道具が
幾つかあって面白かったです。

見学会終了後は、恒例の懇親会。

酒は日本酒オンリーです。相当飲んだ気がする。。。
飲むことに夢中で
写真を撮っていないことに気づく！
(꒦ິ⌑꒦ີ)

そして飲んでいろんな人と喋って、１８時半には終了！

当然ながら二次会
「自分、インフル保菌者かもしれないので今日は帰ります」
と口で言ってる割に足は二次会会場へ。
脳が日本酒に支配されている！
まるで
ハリガネムシに寄生された
カマキリのごとし！(/ω＼)

家を出るときの
「今日は早く帰るから」という言葉はいつも偽りに変わり、
いい感じで酔っ払って今朝は二日酔い(๑*д*๑)
そんな２月１０日でした。。。

次回は関西大学で夏に開催です。

日本酒会開催！＆ひとっ走りしてきた話

先週金曜日と日曜日の話。
これまで何回かワイン会を開催してましたが
「たまには違う酒も」という声が聞こえたような
聞こえなかったような気がしたので（幻聴か）
日本酒会を開催しました。

とりあえず参加者は乾き物などのアテもしくは
日本酒を持参とのこと！
というハードルを設けたら
３人しか参加せん！！！

３人でしっぽり呑むのもよいかなと思っていたところ
金曜日だからと福崎研秘書の「べにさん」が参加。

なんかピンクかぶりだったので
ピンクな感じで写真を撮ってみました。
「ピンク」というより「ピン苦」な
おっさんと

ピンクな若者ことM1なかの
 
本日のスターティングラインナップ

そして、次期料理長ことB4たけおさんの
酒に合う手料理２品！＆なかのの乾き物の差し入れ。
 

とりあえず
かんぱーい！

少女漫画とロックな◯◯について語る
べにさん

いつの間にかB4やすだも参戦

人数少ないながらも楽しく飲んで、最後は泥酔でした。。。
疲れてるな。 

そんななか、日曜日には人生２回目のフルマラソンに出場。
 
おぉぉーー
青空で絶好のマラソン日和！！
と思ったのが運の尽き 

お約束の
雪！  
やっぱり俺、運以外のもの持ってるわ。
なんか変なもの。昼に近づくにつれ
風も強くなり気温も低かったですが、
２回目のフルマラソンで目標のサブ４達成！

２週間後には京都マラソン走ります。
とりあえず、走りでは山中先生を抜き去ろうと画策中。。。

世界一美味しいトンカツ食べてきました

どうも．中谷です．

ちょっとブログでも書いて現実逃避しようかと．

さて，タイ留学による英語力upも一時的なもので，今や元通り，すっかり退化（今度こそ退化です）してしまいました．

しかし，中谷の英語力が崩れ去ろうとも！

築いた友情は一生モノなり！

タイでお世話になった友人から連絡があり，福崎メンバーらと日本でご飯を食べることになりました．

そこで，前々から気になっていたトンカツ屋さん，マンジェに一緒に行くことにしました．

夜の営業時間が17:00-21:00ということで，17:00を狙って店に到着しました．

美味しい雰囲気，でてます

行列も無かったので，すぐさま入れるものと思いきや！
あまりの人気ゆえ並びすぎて近隣住民に迷惑が掛かってしまうため，紙に名前を書いてどっかに行けとのこと．笑
順番が近づいたら電話で連絡してくれるとのこと．
とりあえず名前を書き，時間潰しがスタートしました．


「まあ1時間もあれば入れるやろ」

するとすぐにミスド発見！

「1時間やし，ちょうどいいんじゃね？」
我々は軽くドーナッツを食べながら，待ち時間を潰すことにしました．



～1時間後～



「まだ電話来てないけど，そろそろやろwww」

そして店に戻って我々は絶望するのであった．
順番が進んで...いない！？

良くわかりませんが，予約の紙は複数枚あった模様．

とにかくまだまだ待たないといけないとのことでした．



～3時間後～



地獄の待ち時間を経てその時は遂に訪れた...

「プルルッ」


ｷﾀ━(ﾟ∀ﾟ)━┥東│東│東│　 │　 │　 │発│発│発│中│中│中│北┝┥北┝━(ﾟ∀ﾟ)━!!!!


もう入れないことかと思いました・゜゜・(/□＼*)・゜゜・

わが親友，松永氏もこの表情．

やばい，松永に怒られる...

さっそく注文して席に着きました．

さて，肝心のトンカツの方はどうでしょう．

オリーブからの白トリュフソルトを付けて頂いてくださいとのこと

トンカツ！？

なんじゃこれはーーーーー！？

こんな美味いトンカツ食べたことねぇぇーーー(」ﾟﾛﾟ)｣(｣ﾟﾛﾟ)｣(｣ﾟﾛﾟ)｣ｵｵｵｵｵｯｯｯ


カリッとした厚めの衣の表面を噛むと続いてフワッとした肉の柔らかさとよい香りが口の中に広がる．（玉村豊男/パンとワインとおしゃべりと，より抜粋）


そんな表現が中谷の口から出るはずもなく，感想はただ「あぁ，バリうまい．」でした．


まあでも，3時間待っただけあって，最大のスパイスである空腹もトッピングでき，結果オーライ！
みんな満足してくれたみたいです＾＾

最後に集合写真を撮って，お別れしました．

大満足の様子

留学名物，どこでもセルフィー（ドラえもん風）

以上です．どうもありがとうございました．

ではでは．

ほう，３回生だと？なにやら研究室配属があるらしいな．

３分間待ってやる！！時間だ！！答えを聞こう！！

私をあまり怒らせない方がいいぞ，当分二人きりでここに住むのだからな！ハハハハハッ